La paix semble revenue au Japon: la plupart des membres des chevaliers noirs ont été arrêtés ou exécutés, et la ségrégation et les humiliations envers les Japonais n'ont jamais été aussi dures. Après deux défaites historiques pour repousser les Britanniens (dont celle de Zéro), les habitants de l'archipel nippon semblent avoir perdu tout espoir de retrouver un jour leur fierté, et se résignent peu à peu à subir sans réagir les actions de Britannia à leur égard.

De son côté, Lelouch semble également avoir perdu toute envie de vengeance envers la famille impériale, et reste passif, même s'il n'en reste pas moins choqué de l'attitude de ses semblables. C.C et Nanally ont beau avoir disparues lors de la bataille, cela ne l'inquiète pas outre mesure; en fait il semblerait qu'il ait oublié tous ses souvenirs, et notamment ceux concernant son rôle dans la résistance ou le Geass (dont il n'a plus l'usage).

Par bonheur, les chevaliers noirs n'ont pas totalement disparus et, guidés par Karen et C.C, entendent bien remettre la main sur leur ancien leader et reprendre le combat. C'est donc au cours d'une opération particulièrement violente que Lelouch retrouve la mémoire, et s'aperçoit qu'il a une fois de plus été joué par l'empereur son père.

C'est ainsi que Zéro refait son apparition, à la surprise des dirigeants impériaux; la révolte est sur le point de reprendre de manière encore plus vive, mais certains au sein de la hiérarchie britannienne sont prêts à tout pour la stopper une fois de plus.